杭州医学院档案馆成立于2016年12月，2024年1月起与图书馆、医学情报中心合署办公，负责学校档案的收集、整理、保管和利用。目前办公室及库房使用面积约600㎡，分布在滨江、黄龙、临安三个校区。内设档案服务部、档案编研部，现有工作人员4人。

馆藏档案齐全，共设3个全宗（杭州医学院、浙江省干部进修学校和浙江省医学科学院）、11个门类。截止2026年4月1日，共计保存纸质档案8418卷，15.07万件，电子档案725.47G，实物档案728件，档案数字化成果1499.92G。

近年来，档案馆大力推进数字档案馆建设，建立远程档案查询利用平台，为校友、师生提供多元的档案资讯服务。2021年10月通过浙江省数字档案馆建设测评验收，成为浙江省规范化数字档案馆。

在档案文化建设方面，档案馆自2020年起开展“九个一”工程，充分发挥档案的精神引领、文化传承和思政教育作用，形成具有杭医辨识度的红色档案立德树人文化品牌。依托丰富的馆藏资源，档案馆在2025年建校百年之际，推出《杭州医学院百年校友名录》、《杭州医学院年鉴2025》、《人生从这里起航——优秀校友集（一）》三项编研成果。

未来，档案馆将继续秉持“为党管档、为校守史、服务师生、说好故事、传承文化”的工作理念，积极推进档案库房智慧化、档案载体数字化、档案接收电子化、档案利用高效化，坚守立德树人根本任务，更好地服务于学校中心工作，服务于广大师生校友。